Terza figlia di Cosimo I de Medici e di Eleonora di Toledo, Granduchi di Toscana e signori di Firenze, Isabella aveva nel suo nome le migliori qualità: bellezza, intelligenza, modestia, eleganza, cultura. Dotata di un carattere brillante e indipendente e del raro dono della diplomazia era benvoluta da tutti. Letterati, musicisti e poeti le dedicavano le proprie opere e ne ricercavano i favori. Sembrava che il Fato le avesse destinato ogni fortuna ma non fu così. Fidanzata nel 1553 a soli undici anni a Paolo Giordano Orsini, duca di Bracciano, lo sposerà cinque anni dopo. In quell'occasione Alessandro Allori la ritrasse nel pieno della giovinezza, con indosso un elegante abito in velluto scuro e maniche ricamate in oro, adornata di perle e in mano un fazzoletto ricamato dal quale spunta un garofano, tutti simboli della sua condizione di sposa. Paolo fu per lei un pessimo marito: litigioso, infedele, amante del gioco e irrispettoso, non ebbe per lei né amore né affetto considerandola sempre una cosa imposta e non voluta o almeno così ci viene descritto dalle testimonianze dell'epoca. Una mattina d'estate del 1576 Isabella muore nella villa di Cerreto Guidi vicino Firenze e subito si sparge la voce che sia stata uccisa dal marito per punirla della tresca con un membro della sua stessa famiglia, Troilo Orsini, cugino di Paolo. Un delitto d'onore quindi. Ma pare non sia andata proprio così.
Di recente Isabella Mori, studiosa romana, ha pubblicato le sue ricerche d'archivio che proverebbero una storia ben diversa. Prima di tutto lo scambio di lettere tra Isabella e Paolo, in totale 579 e tutte autografe, che dimostrerebbero che in realtà i due erano molto innamorati. "Io ti adoro, bella, e credi che quando mi morirò, ne' figli, ne' Stato, ne' amici, ne' dame, ne' niun'altra cosa mi si ricordarà, se non che io ti adoro". Così scriveva Paolo alla moglie in una delle sue ultime lettere. E ancora: "non ho che voi", le dice spesso, "voi che amo fin da fanciullo". Da altri documenti pare poi che la principessa medicea soffrisse di <oppilatione>, ovvero una ostruzione delle vie urinarie che le causava violenti febbri. Forse furono queste infezioni mal curate, dato che al tempo non esistevano gli antibiotici, a portarla alla morte. Le notizie del suo assassinio sarebbero state divulgate da detrattori, ambasciatori di potenze ostili, famiglie avversarie ai Medici e agli Orsini e da fuoriusciti fiorentini che contribuirono a creare il giallo storico della bella e sfortunata Isabella.